Reintroducción: Episodios 1-2, capítulos 245-247: Dos años y medio más tarde, un Naruto Uzumaki más maduro y más fuerte vuelve a Konoha. Este trozo se centra en la reintroducción de los personajes, de Naruto Uzumaki, de Sakura Haruno y de Kakashi Hatake que son los principales. Otros que reaparecen en este segmento son Jiraiya, Tsunade, Konohamaru, Iruka, Shikamaru Nara, Gaara y [[Temari].

Rescate Gaara: Episodios 3-actual, capítulos 248-281: El quinto Kazekage, Gaara, es secuestrado por Akatsuki. El equipo Kakashi es enviado a la Aldea Oculta de la Arena como ayudante. La misión cambia a una misión de rescate como equipo Kakashi y con Chiyo de la arena de ayuda, persecución del equipo después de secuestrar a Gaara.

Exposición: Capítulos 282-284: Naruto intenta encontrar a un miembro substituto del equipo para interceptar al espía de Sasori. Naruto se junta con Shino, Kiba, Hinata, Choji, Ino, y Shikamaru otra vez. El equipo Kakashi consigue temporalmente dos nuevos miembros del equipo, Yamato (que substituye Kakashi como líder) y Sai (Naruto) (que substituye Sasuke). Mientras tanto, Tsunade tiene que ocuparse de la desconfianza de las ancianos de la aldea.

Sasuke y Sai: Capítulos 285-310: El nuevo equipo Kakashi consigue una cierta información recibida de Sasori sobre una reunión con un espía entre los seguidores de Orochimaru. La reunión falla cuando el espía, Kabuto Yakushi, resulta todavía ser leal a Orochimaru. Más adelante, el equipo Kakashi invade la base de Orochimaru en la búsqueda de Sai, que había traicionado a equipo en las órdenes de su superior de la raíz, Danzo. Naruto y Sakura finalmente ven de nuevo a Sasuke por primera vez desde su desercion de Konoha 2 años y ½ atras. Sasuke, sin embargo, está lejos de lo que él era.

Hidan y Kakuzu: Capítulos 311-342: Después de volver del país de la hierba, Kakashi y Yamato comienzan el entrenamiento de Naruto así que él puede crear su propio jutsu. Mientras tanto, Akatsuki comienza a conseguir bestias con dos colas más activas, que capturan inmediatamente. Cuando dos miembros de Akatsuki, Hidan y Kakuzu, llegan a la tierra del fuego, Tsunade moviliza el 80% de los ninja de Konoha para ocuparse de la amenaza. Sin embargo, Asuma Sarutobi es asesinado por Hidan en batalla.

Corriente: Capítulos 343-Actual: Mientras que el equipo Kakashi abanza en su lucha contra Akatsuki, Sasuke derrota a Orochimaru y comienza a formar a un nuevo grupo con los subordinados anteriores de Orochimaru. Sasuke forma el grupo "Serpiente" y tiene intención de ir a matar a Itachi. Naruto quiere también ir a por Itachi, para encontrar a Sasuke. 


KAKASHI GAIDEN 

Kakashi Gaiden: Capítulos 239-244 (solo manga): Es una intermisión entre Naruto y Naruto: Shippūden. Esta saga es un flashback que cuenta como Kakashi consiguió su Sharingan y la cicatriz de su ojo izquierdo. También explica algunas cosas de Kakashi, como por qué está empeñado en el trabajo en equipo de tres y su falta de puntualidad.